Thèse Histoire Évolutive et Diversité Génétique du Genre Rupicapra à Travers le Temps et l'Espace Apports des Génomes Anciens et Contemporains H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Savoie Mont-Blanc École doctorale : Sciences Ingénierie Environnement Laboratoire de recherche : Laboratoire d'ECologie Alpine Direction de la thèse : Glenn YANNIC Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-31T23:59:59 Ce projet de thèse vise à explorer l'histoire évolutive et la diversité génétique du genre Rupicapra à travers l'ensemble de son aire de répartition européenne, incluant les populations alpines, pyrénéennes et périphériques. Les travaux existants révèlent des discordances entre les marqueurs mitochondriaux et nucléaires, ainsi que des épisodes potentiels d'hybridation, mais une synthèse globale et spatio-temporelle manque encore. Le projet combine l'analyse de génomes complets contemporains (WGS) et d'ADN ancien provenant de spécimens muséaux et fossiles pour reconstruire les relations évolutives, modéliser les dynamiques démographiques et identifier les unités évolutives pertinentes pour la conservation. Le chamois de Chartreuse (Rupicapra rupicapra cartusiana) sera étudié comme cas particulier, illustrant la discordance cyto-nucléaire et l'originalité génétique au sein des populations alpines. Les résultats attendus permettront d'améliorer la compréhension des mécanismes évolutifs et démographiques du chamois en Europe, et de proposer des recommandations pour la gestion et la conservation des populations patrimoniales.
Le genre Rupicapra regroupe différentes populations et espèces, emblématiques de la faune de montagne européenne, des Balkans aux Pyrénées en passant par les Alpes et Apennins. Leur histoire évolutive est complexe, marquée par les cycles glaciaires, les recolonisations post-glaciaires, la fragmentation des populations et des épisodes possibles d'introgression naturelle ou anthropique. Les travaux existants, fondés sur des marqueurs mitochondriaux et nucléaires limités, révèlent des discordances phylogénétiques et des structurations géographiques parfois contradictoires, souvent attribuées à la philopatrie des femelles et à la faible variation nucléaire.Les mécanismes d'hybridation, bien que controversés, sont susceptibles de contribuer à ces discordances, et la synthèse globale des données à l'échelle européenne reste lacunaire. Dans ce contexte, le chamois de Chartreuse (Rupicapra rupicapra cartusiana) constitue une population patrimoniale emblématique, présentant une discordance cyto-nucléaire : son ADN mitochondrial le rapproche des chamois des Apennins, tandis que son génome nucléaire le rattache aux populations alpines. Cette population sera étudiée comme cas particulier illustratif de processus évolutifs plus larges.

Objectifs principaux de la thèse :
1. Synthétiser la phylogéographie et la diversité génétique du genre Rupicapra sur l'ensemble de l'aire de distribution du genre, incluant populations périphériques et patrimoniales.
2. Analyser les discordances cyto-nucléaires et les signatures d'introgression à l'échelle européenne.
3. Reconstituer l'histoire évolutive et démographique des populations à travers le temps et l'espace.
4. Identifier les unités évolutives pertinentes pour la conservation, incluant des populations patrimoniales comme Chartreuse, mais dans un contexte comparatif plus large.
Cette thèse fournira une synthèse inédite de l'évolution du genre Rupicapra, essentielle pour orienter la conservation des populations patrimoniales et pour mieux comprendre les mécanismes évolutifs des grands ongulés de montagne. Échantillonnage
- Populations contemporaines : collecte d'échantillons représentatifs sur l'ensemble de l'aire de distibtion du genre Rupicapra, des Carpates aux Pyrénées, incluant les populations des Alpes et des Apennins et des populations patrimoniales (Chartreuse).
- Échantillons anciens : spécimens muséaux et fossiles (jusqu'à 8 000 ans BP) pour reconstruire l'évolution génétique historique.

Analyses génomiques
- Séquençage complet des génome nucléaire (WGS) et mitochondrial pour tous les échantillons.
- Bioinformatique et contrôle qualité : traitement des données haut-débit, filtrage des variants, validation des génotypes.

Analyses phylogénétiques et phylogéographiques
- Reconstruction des relations évolutives entre populations alpines et pyrénéennes.
- Identification des discordances cyto-nucléaires et quantification des signatures d'introgression ancienne ou récente.
- Modélisation démographique pour estimer les fluctuations de population, colonisations et bottlenecks historiques.
- Intégration des données anciennes et contemporaines pour une reconstruction spatio-temporelle complète.

Structure des populations et diversité génétique
- Analyses de la diversité nucléaire et mitochondriale.
- Évolution des génomes.
- Évaluation des unités évolutives et des populations patrimoniales pour la conservation.

Cas particulier : chamois de Chartreuse
- Analyse détaillée illustrant les discordances cyto-nucléaires et les liens évolutifs avec les populations alpines et périphériques.
- Évaluation de son originalité génétique et des implications pour sa gestion et sa conservation.

Le candidat recherché doit présenter une formation solide en génétique des populations ou écologie évolutive, avec un intérêt marqué pour les analyses génomiques et la paléogénétique. Des compétences en bioinformatique et traitement de données de séquençage haut-débit (WGS, RADseq, etc.) sont fortement souhaitées. La curiosité scientifique, la rigueur méthodologique et la capacité à travailler en collaboration avec des partenaires scientifiques et gestionnaires sont essentielles.
Compétences et qualifications :
- Master ou équivalent en biologie évolutive, génétique des populations ou génomique
- Maîtrise de langages de programmation (R, Bash) et connaissance des clusters de calcul haute performance
- Expérience avec l'analyse de données génomiques (RADseq, génomes complets)
- Connaissance des concepts et outils de génomique des populations : structure des populations, diversité génétique, modélisation démographique
- Capacité à rédiger des articles scientifiques et à présenter les résultats lors de conférences internationales
- Motivation scientifique, proactivité et curiosité
- Excellentes capacités de communication et de travail collaboratif
- Organisation, rigueur, adaptabilité et compétences en résolution de problèmes